生(sheng)物修復技術(shu)有(you)(you)著其他方(fang)法無法比擬的(de)優點，但也有(you)(you)其自身的(de)局限(xian)性，主(zhu)要(yao)表(biao)現(xian)在(zai)以下幾個方(fang)面。

(1)微生物不能降解所有進入(ru)環(huan)境的污染物，由于污染物的難降解性、不溶性以及(ji)與土壤腐(fu)殖(zhi)質或泥土結合在一起，常常使生物修復不能進行(xing)。

(2)這一技術在(zai)應(ying)用時要對(dui)污染(ran)地點和存在(zai)的污染(ran)物進行(xing)詳細考察，如在(zai)一些低滲透的土(tu)壤(rang)中可(ke)能(neng)不宜使用生物修復，因為這類土(tu)壤(rang)或在(zai)這類土(tu)壤(rang)中的注水井會由于細菌生長(chang)過多而阻塞。

(3)特定的微生物只降解特定類型的化學物質，狀態稍有變化的化合物就可能不會被同一微生物酶所破壞。

(4)這一技術受各種環境因素的影響較大，因為微生物活性受溫度、氧氣、水分、pH值等環境條件變化的影響。與物理法、化學法相比，這一技術治理污染土壤的時間相對較長。

(5)有些情況下，生物(wu)修(xiu)復不能(neng)將污染物(wu)全(quan)部去(qu)除，當污染物(wu)濃度(du)太低，不足以維持降解細菌的群落時(shi)，殘余的污染物(wu)就會留在土壤中。正式這些局限性的存(cun)在，使得土壤修(xiu)復必須要遵循一定的原則：(1)適合的(de)微生(sheng)(sheng)物是指(zhi)具有(you)生(sheng)(sheng)理(li)和(he)代(dai)謝能力并能降解污(wu)染物的(de)細(xi)菌和(he)真菌。在(zai)許多情況下(xia)，修(xiu)復(fu)位點(dian)處就(jiu)有(you)降解微生(sheng)(sheng)物存(cun)在(zai)，如(ru)果在(zai)反應器內處理(li)高(gao)濃度有(you)毒(du)污(wu)染物，則需要加(jia)入外(wai)源微生(sheng)(sheng)物。(2)適(shi)合的(de)(de)地(di)點是(shi)指要有(you)(you)污染物(wu)和合適(shi)的(de)(de)微生(sheng)(sheng)物(wu)相接觸的(de)(de)地(di)點，如在(zai)表層土壤中存在(zai)的(de)(de)降(jiang)(jiang)解(jie)苯(ben)微生(sheng)(sheng)物(wu)是(shi)無法降(jiang)(jiang)解(jie)位于蓄水(shui)(shui)層中的(de)(de)苯(ben)系污染物(wu)，只有(you)(you)抽取(qu)污染水(shui)(shui)到地(di)面在(zai)地(di)上生(sheng)(sheng)物(wu)反應器內處(chu)理(li)，或將(jiang)合適(shi)的(de)(de)微生(sheng)(sheng)物(wu)引入污染的(de)(de)蓄水(shui)(shui)層中處(chu)理(li)。(3)適(shi)合(he)的(de)環境條件是指要(yao)控制(zhi)或改變環境條件，使微生(sheng)物的(de)代謝和生(sheng)長活(huo)動處(chu)于最(zui)佳狀態(tai)。環境因子包括(kuo)溫度、無(wu)機營養(yang)鹽(yan)(主(zhu)要是氮和磷)、電子受體(氧氣、硝酸鹽和硫(liu)酸鹽)和pH值等。盡管生(sheng)物(wu)修(xiu)(xiu)復技術(shu)多種多樣，生(sheng)物(wu)修(xiu)(xiu)復的(de)地點千差萬(wan)別，但上述的(de)3個原則(ze)，確實所有生物(wu)修復技術都需(xu)要遵循(xun)的原則(ze)。